- 院级非法人单元
| 序号 | 院级非法人单元名称 | 依托单位 | 主管部门 |
| 1 | 中国科学院档案馆 | 文献情报中心 | 办公厅 |
| 2 | 中国科学院中国创新战略和政策研究中心 | 科技战略咨询研究院 | 学部工作局 |
| 3 | 中国科学院大科学装置理论物理研究中心 | 高能物理研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 4 | 中国科学院上海临床研究中心 | 上海生命科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 5 | 中国科学院上海超导中心 | 上海微系统与信息技术研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 6 | 中国科学院上海植物逆境生物学研究中心 | 上海生命科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 7 | 中国科学院广州天然气水合物研究中心 | 广州能源研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 8 | 中国科学院第二军医大学转化医学研究院 | 上海生命科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 9 | 中国科学院气候变化研究中心 | 大气物理研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 10 | 中国科学院分子科学中心 | 化学研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 11 | 中国科学院北京生命科学研究院 | 动物研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 12 | 中国科学院北京转化医学研究院 | 生物物理研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 13 | 中国科学院四川转化医学研究医院 | 成都生物研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 14 | 中国科学院生物与化学交叉研究中心 | 上海有机化学研究所、上海药物研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 15 | 中国科学院先进轨道交通力学研究中心 | 力学研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 16 | 中国科学院国家数学与交叉科学中心 | 数学与系统科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 17 | 中国科学院政府行政管理系统分析研究中心 | 数学与系统科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 18 | 中国科学院珠江三角洲环境污染与控制研究中心 | 广州地球化学研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 19 | 中国科学院资源环境科学数据中心 | 地理科学与资源研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 20 | 中国科学院预测科学研究中心 | 数学与系统科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 21 | 中国科学院虚拟经济与数据科学研究中心 | 中国科学院大学 | 前沿科学与教育局 |
| 22 | 中国科学院晨兴数学中心 | 数学与系统科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 23 | 中国科学院减灾中心 | 大气物理研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 24 | 中国科学院蛋白质科学中心 | 北京中心依托生物物理研究所；上海中心依托上海生命科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 25 | 中国科学院量子技术与应用研究中心 | 中国科学技术大学 | 前沿科学与教育局 |
| 26 | 中国科学院湿地研究中心 | 东北地理与农业生态研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 27 | 中国科学院强磁场科学中心 | 合肥物质科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 28 | 中国科学院新疆矿产资源研究中心 | 新疆生态与地理研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 29 | 中国科学院磁约束等离子体物理理论研究中心 | 合肥物质科学研究院 | 前沿科学与教育局 |
| 30 | 中国科学院北京纳米能源与系统研究所 | 国家纳米科学中心 | 前沿科学与教育局 |
| 31 | 中国科学院流感研究与预警中心 | 微生物研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 32 | 中国科学院青岛科教园发展中心 | 海洋研究所 | 前沿科学与教育局 |
| 33 | 中国科学院阿里巴巴量子计算实验室 | 中国科学技术大学 | 重大科技任务局 |
| 34 | 中国科学院02专项光刻机关键部件研发任务管理办公室 | 光电研究院 | 重大科技任务局 |
| 35 | 中国科学院月球与深空探测总体部 | 国家天文台 | 重大科技任务局 |
| 36 | 中国科学院北方粳稻分子育种联合研究中心 | 遗传与发育生物学研究所 | 重大科技任务局 |
| 37 | 中国科学院加速器驱动次临界嬗变系统研究中心 | 近代物理研究所 | 重大科技任务局 |
| 38 | 中国科学院低阶煤利用先导专项管理中心 | 山西煤炭化学研究所 | 重大科技任务局 |
| 39 | 中国科学院钍基熔盐核能系统研究中心 | 上海应用物理研究所 | 重大科技任务局 |
| 40 | 中国科学院空间目标与碎片观测研究中心 | 紫金山天文台 | 重大科技任务局 |
| 41 | 中国科学院空间环境研究预报中心 | 国家空间科学中心 | 重大科技任务局 |
| 42 | 中国科学院空间科学与应用总体部 | 空间应用工程与技术中心 | 重大科技任务局 |
| 43 | 中国科学院核能安全技术研究所 | 合肥物质科学研究院 | 重大科技任务局 |
| 44 | 中国科学院浮空器系统研究发展中心 | 光电研究院 | 重大科技任务局 |
| 45 | 中国科学院微小卫星工程中心 | 上海高等研究院 | 重大科技任务局 |
| 46 | 中国科学院新一代信息技术先导研究中心 | 信息工程研究所 | 重大科技任务局 |
| 47 | 中国科学院通用芯片与基础软件研究中心 | 上海高等研究院 | 重大科技任务局 |
| 48 | 中国科学院上海产业技术创新与育成中心 | 上海高等研究院 | 科技促进发展局 |
| 49 | 中国科学院上海技术转移中心 | 上海分院 | 科技促进发展局 |
| 50 | 中国科学院上海辰山植物科学研究中心 | 上海生命科学研究院 | 科技促进发展局 |
| 51 | 中国科学院上海浦东科技园 | 上海分院 | 科技促进发展局 |
| 52 | 中国科学院山东综合技术转化中心 | 沈阳分院 | 科技促进发展局 |
| 53 | 中国科学院广州生物医药产业技术创新与育成中心 | 广州生物医药与健康研究院 | 科技促进发展局 |
| 54 | 中国科学院广州产业技术创新与育成中心 | 广州分院 | 科技促进发展局 |
| 55 | 中国科学院广州技术转移中心 | 广州分院 | 科技促进发展局 |
| 56 | 中国科学院天津产业技术创新与育成中心 | 天津工业生物技术研究所 | 科技促进发展局 |
| 57 | 中国科学院云计算产业技术创新与育成中心 | 广州分院 | 科技促进发展局 |
| 58 | 中国科学院内蒙古草业研究中心 | 植物研究所 | 科技促进发展局 |
| 59 | 中国科学院长春技术转移中心 | 长春分院 | 科技促进发展局 |
| 60 | 中国科学院北京技术转移中心 | 北京分院（筹） | 科技促进发展局 |
| 61 | 中国科学院电子设计自动化软件中心 | 微电子研究所 | 科技促进发展局 |
| 62 | 中国科学院电动汽车研发中心 | 深圳先进技术研究院 | 科技促进发展局 |
| 63 | 中国科学院兰州技术转移中心 | 兰州分院 | 科技促进发展局 |
| 64 | 中国科学院半导体照明研发中心 | 半导体研究所 | 科技促进发展局 |
| 65 | 中国科学院宁波产业技术创新与育成中心 | 宁波材料技术与工程研究所 | 科技促进发展局 |
| 66 | 中国科学院台州应用技术研发与产业化中心 | 上海分院 | 科技促进发展局 |
| 67 | 中国科学院地理信息与文化科技产业基地 | 地理科学与资源研究所 | 科技促进发展局 |
| 68 | 中国科学院扬州应用技术研发与产业化中心 | 南京分院 | 科技促进发展局 |
| 69 | 中国科学院成都技术转移中心 | 成都分院 | 科技促进发展局 |
| 70 | 中国科学院合肥技术创新工程院 | 合肥物质科学研究院 | 科技促进发展局 |
| 71 | 中国科学院苏州生物医学工程与生物医药产业化基地 | 苏州生物医学工程技术研究所 | 科技促进发展局 |
| 72 | 中国科学院苏州产业技术创新与育成中心 | 苏州纳米技术与纳米仿生研究所 | 科技促进发展局 |
| 73 | 中国科学院佛山产业技术创新与育成中心 | 广州分院 | 科技促进发展局 |
| 74 | 中国科学院沈阳技术转移中心 | 沈阳分院 | 科技促进发展局 |
| 75 | 中国科学院青岛产业技术创新与育成中心 | 青岛生物能源与过程研究所 | 科技促进发展局 |
| 76 | 中国科学院昆明灵长类研究中心 | 昆明动物研究所 | 科技促进发展局 |
| 77 | 中国科学院知识产权研究与培训中心 | 科技政策与管理科学研究所 | 科技促进发展局 |
| 78 | 中国科学院知识产权信息服务中心 | 文献情报中心 | 科技促进发展局 |
| 79 | 中国科学院物联网研究发展中心 | 微电子研究所 | 科技促进发展局 |
| 80 | 中国科学院河南产业技术创新与育成中心 | 合肥物质科学研究院 | 科技促进发展局 |
| 81 | 中国科学院南京高新技术研发及产业化中心 | 南京分院 | 科技促进发展局 |
| 82 | 中国科学院贵州现代资源技术研究与成果转化中心 | 昆明分院 | 科技促进发展局 |
| 83 | 中国科学院哈尔滨产业技术创新与育成中心 | 长春分院 | 科技促进发展局 |
| 84 | 中国科学院重庆产业技术创新与育成中心 | 重庆绿色智能技术研究院 | 科技促进发展局 |
| 85 | 中国科学院泰州应用技术研发及产业化中心 | 南京分院 | 科技促进发展局 |
| 86 | 中国科学院唐山高新技术研究与转化中心 | 北京分院（筹） | 科技促进发展局 |
| 87 | 中国科学院烟台海岸带生物产业技术创新与育成中心 | 烟台海岸带研究所 | 科技促进发展局 |
| 88 | 中国科学院海西育成中心 | 福建物质结构研究所 | 科技促进发展局 |
| 89 | 中国科学院能源动力研究中心 | 工程热物理研究所 | 科技促进发展局 |
| 90 | 中国科学院常州先进制造技术研发与产业化中心 | 南京分院 | 科技促进发展局 |
| 91 | 中国科学院银川科技创新与产业育成中心 | 西安分院 | 科技促进发展局 |
| 92 | 中国科学院清洁能源技术发展中心 | 上海高等研究院 | 科技促进发展局 |
| 93 | 中国科学院深圳现代产业技术创新和育成中心 | 深圳先进技术研究院 | 科技促进发展局 |
| 94 | 中国科学院厦门产业技术创新与育成中心 | 城市环境研究所 | 科技促进发展局 |
| 95 | 中国科学院湖北产业技术创新与育成中心 | 武汉分院 | 科技促进发展局 |
| 96 | 中国科学院湖州应用技术研究与产业化中心 | 上海分院 | 科技促进发展局 |
| 97 | 中国科学院湖南技术转移中心 | 武汉分院 | 科技促进发展局 |
| 98 | 中国科学院新农村信息化研究中心 | 合肥物质科学研究院 | 科技促进发展局 |
| 99 | 中国科学院嘉兴应用技术研究与转化中心 | 上海分院 | 科技促进发展局 |
| 100 | 中国科学院西北生物农业中心 | 西安分院 | 科技促进发展局 |
| 101 | 中国科学院知识产权运营管理中心 | 计算技术研究所 | 科技促进发展局 |
| 102 | 中国科学院无人机应用与管控研究中心 | 地理科学与资源研究所 | 科技促进发展局 |
| 103 | 中国科学院包头稀土研发中心 | 北京分院 | 科技促进发展局 |
| 104 | 中国科学院农业政策研究中心 | 地理科学与资源研究所 | 发展规划局 |
| 105 | 中国科学院可持续发展研究中心 | 地理科学与资源研究所 | 发展规划局 |
| 106 | 中国科学院水资源研究中心 | 地理科学与资源研究所 | 发展规划局 |
| 107 | 中国科学院精准扶贫评估研究中心 | 地理科学与资源研究所 | 发展规划局 |
| 108 | 中国科学院上海交叉学科研究中心 | 上海分院 | 发展规划局 |
| 109 | 中国科学院中国现代化研究中心 | 文献情报中心 | 发展规划局 |
| 110 | 中国科学院文化遗产科技认知研究中心 | 自然科学史研究所 | 发展规划局 |
| 111 | 中国科学院自然与社会交叉科学研究中心 | 科技政策与管理科学研究所 | 发展规划局 |
| 112 | 中国科学院创新发展研究中心 | 科技政策与管理科学研究所 | 发展规划局 |
| 113 | 中国科学院战略研究中心 | 科技政策与管理科学研究所 | 发展规划局 |
| 114 | 中国科学院管理创新与评估研究中心 | 科技政策与管理科学研究所 | 发展规划局 |
| 115 | 中国科学院科学传播研究中心 | 文献情报中心 | 科学传播局 |
| 116 | 中国科学院科学新闻中心 | 计算机网络信息中心 | 科学传播局 |
| 117 | 中国科学院计算科学应用研究中心 | 计算机网络信息中心 | 条件保障与财务局 |
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