洁净能源创新研究院依托单位是中国科学院大连化学物理研究所/青岛生物能源与过程研究所，共建单位包括中国科学院电工研究所、福建物构所、工程热物理研究所、广州能源研究所、过程工程研究所、兰州化学物理研究所、山西煤炭化学所、上海高等研究院、上海应用物理研究所、中国科技大学等单位。参加单位为参加洁净能源创新研究院建设、共同开展洁净能源科学研究与技术创新的单位。
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1、洁净能源创新研究院的定位
谋划制订国家层面能源科技发展战略，组织实施国家能源科技重大项目，培养建立国家能源科技人才梯队，为国家能源安全和可持续发展提供关键的能源科学与技术支撑。
2、洁净能源创新研究院方向布局
创新研究院针对我国能源结构变革需求，进行体系化顶层设计，通过变革性关键技术突破与示范，以能源技术革命促进能源革命，实现化石能源/可再生能源/核能的融合发展，构建国家清洁低碳、安全高效能源新体系。以化石资源清洁高效利用与耦合替代、清洁能源多能互补与规模应用、低碳化多能战略融合为主线，为构建我国清洁低碳、安全高效的能源体系提供技术支撑，在我国能源产业和能源科技发展中发挥骨干引领作用，为我国从能源大国向能源强国转变做出国家战略科技力量应有的贡献。
3、洁净能源创新研究院阶段目标：
2018年，结合国家实验室建设要求，完成创新研究院建设
实施创新研究院新体制机制下的各项管理制度，确定基本构架并完成人员聘任；初步建成“科技目标明确、研究队伍完整、设备条件完善、体制机制先进”的创新研究院。
2020年，建成世界一流研究中心
在重要能源产业技术方面推出一系列重大成果，在国内外相关领 域具备重要影响力；奠定化石能源清洁高效利用研究领域国际领先地位；在可再生能源规模化利用实现材料及器件完全国产化及规模示范；在特种能源技术领域完成型号研制。
2030年，建成世界顶尖研究中心
在我国能源领域发挥不可替代的作用，引领国际洁净能源领域研究方向，成为世界顶尖研究中心。
目前，大连化物所以大连化物所和青岛能源所融合发展为契机，“创新研究院”和“先导项目”组织实施为抓手，将“创新研究院”与“先导A项目”紧密结合，联合院内相关领域优势研究力量，积极探索创新研究院组织模式和管理运行机制，推动其按国家实验室体制机制运行。
建设进展
2016年5月，洁净能源国家实验室建设组建方案通过院长办公会审议。
2017年7月，完成了重大任务局内部的组织与论证程序、通过院推进深化改革工作小组审议、通过院长办公会审议。
2017年10月，发布《关于批准筹建深海技术等6个创新研究院的通知》，批准筹建洁净能源创新研究院。
依托大连化学物理研究所，筹建洁净能源创新研究院，筹建期自2017年8月至2019年12月。
2018年6月19日, 洁净能源创新研究院第一届理事会成立大会及”变革性洁净能源关键技术与示范”先导科技专项启动会召开。
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