2000年度至2018年度，共有31位专家被授予“国家最高科学技术奖”。
2000年度获奖人
吴文俊(1919.05～2017.05) 男，数学家，中国科学院院士，中国科学院数学与系统科学研究院研究员。
袁隆平(1930.09～) 男，杂交水稻专家，中国工程院院士，湖南省农业科学院研究员。
2001年度获奖人
黄昆(1919.09～2005.07) 男，物理学家，中国科学院院士，中国科学院半导体研究所研究员。
王选(1937.02～2006.02) 男，计算机应用专家，中国科学院院士，中国工程院院士，北京大学教授。
2002年度获奖人
金怡濂(1929.09～) 男，计算机专家，中国工程院院士，国家并行计算机工程技术研究中心研究员。
2003年度获奖人
刘东生(1917.11～2008.03) 男，地球环境科学专家，中国科学院院士，中国科学院地质与地球物理研究所研究员。
王永志(1932.11～) 男，航天技术专家，中国工程院院士，中国人民解放军总装备部研究员。
2004年度获奖人空缺
2005年度获奖人
叶笃正(1916.02～2013.10) 男，气象学家，中国科学院院士，中国科学院大气物理研究所研究员。
吴孟超(1922.08～) 男，肝胆外科专家，中国科学院院士，中国人民解放军第二军医大学教授。
2006年度获奖人
李振声(1931.02～) 男，小麦遗传育种专家，中国科学院院士，中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员。
2007年度获奖人
闵恩泽(1924.02～2016.03) 男，石油化工专家，中国科学院院士，中国工程院院士，中国石油化工股份有限公司石油化工科学研究院教授级高工。
吴征镒(1916.06～2013.06) 男，植物学家，中国科学院院士，中国科学院昆明植物研究所研究员。
2008年度获奖人
王忠诚(1925.12～2012.09) 男，神经外科专家，中国工程院院士，北京市神经外科研究所、首都医科大学附属北京天坛医院教授。
徐光宪(1920.11～2015.04) 男，化学家，中国科学院院士，北京大学教授。
2009年度获奖人
谷超豪(1926.05～2012.06) 男，数学家，中国科学院院士，复旦大学数学研究所教授。
孙家栋(1929.04～) 男，航天技术专家，中国科学院院士，中国航天科技集团公司高级技术顾问。
2010年度获奖人
师昌绪(1920.11～2014.11) 男，材料科学家，中国科学院院士，中国工程院院士，国家自然科学基金委员会特邀顾问、中国科学院金属研究所研究员。
王振义(1924.11～) 男，血液学专家，中国工程院院士，上海交通大学医学院附属瑞金医院终身教授。
2011年度获奖人
谢家麟(1920.08～2016.02) 男，物理学家，中国科学院院士，中国科学院高能物理研究所研究员。
吴良镛(1922.05～) 男，建筑学家，中国科学院院士，中国工程院院士，清华大学建筑与城市研究所所长、人居环境研究中心主任。
2012年度获奖人
郑哲敏(1924.10～) 男，力学家，中国科学院院士，中国工程院院士，中国科学院力学研究所研究员。
王小谟(1938.11～) 男，雷达技术专家，中国工程院院士，中国电子科技集团公司电子科学研究院研究员。
2013年度获奖人
张存浩(1928.02～) 男，物理化学家，中国科学院院士，中国科学院大连化学物理研究所研究员。
程开甲(1918.08～2018.11) 男，物理学家，中国科学院院士，中国人民解放军总装备部研究员。
2014年度获奖人
于敏(1926.08～2019.1) 男，核物理学家，中国科学院院士，中国工程物理研究院研究员。
2015年度获奖人空缺
2016年度获奖人
赵忠贤(1941.01～) 男，物理学家，中国科学院院士，中国科学院物理研究院研究员。
屠呦呦(1930.12～) 女，药学家，中国中医科学院研究员。
2017年度获奖人
王泽山(1935.09～) 男，火炸药学家，中国工程院院士，南京理工大学教授。
侯云德(1929.07～) 男，分子病毒学家，中国工程院院士，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所研究员。
2018年度获奖人
刘永坦(1936.12～) 男，雷达与信号处理技术专家，中国科学院、中国工程院院士，哈尔滨工业大学教授。
钱七虎(1937.10～) 男，防护工程学家，中国工程院院士，中国人民解放军陆军工程大学教授。
