科学技术部内设 17 个机构，分别为：
| 序号 | 机构名称 |
| 1 | 办公厅 |
| 2 | 战略规划司 |
| 3 | 政策法规与创新体系建设司 |
| 4 | 资源配置与管理司 |
| 5 | 科技监督与诚信建设司 |
| 6 | 重大专项司 |
| 7 | 基础研究司 |
| 8 | 高新技术司 |
| 9 | 农村科技司 |
| 10 | 社会发展科技司 |
| 11 | 成果转化与区域创新司 |
| 12 | 外国专家服务司 |
| 13 | 引进国外智力管理司 |
| 14 | 国际合作司（港澳台办公室） |
| 15 | 人事司 |
| 16 | 机关党委 |
| 17 | 离退休干部局 |
科学技术部下设 25 个单位，分别为：
| 序号 | 单位名称 |
| 1 | 科学技术部办公厅 |
| 2 | 科学技术部机关服务中心 |
| 3 | 国家科学技术奖励工作办公室 |
| 4 | 中国科学技术信息研究所 |
| 5 | 中国科学技术发展战略研究院 |
| 6 | 中国科学技术交流中心本级 |
| 7 | 科学技术部上海培训中心 |
| 8 | 中国农村技术开发中心 |
| 9 | 科学技术部火炬高技术产业开发中心 |
| 10 | 中国生物技术发展中心 |
| 11 | 中国21世纪议程管理中心 |
| 12 | 科学技术部高技术研究发展中心 |
| 13 | 科学技术部信息中心 |
| 14 | 国家遥感中心 |
| 15 | 科学技术部科技评估中心 |
| 16 | 国家科技基础条件平台中心 |
| 17 | 科学技术部科技经费监管服务中心 |
| 18 | 中国国际核聚变能源计划执行中心 |
| 19 | 国家科技风险开发事业中心 |
| 20 | 科学技术部科技人才交流开发服务中心 |
| 21 | 国家外国专家局机关服务中心 |
| 22 | 中国国际人才交流中心 |
| 23 | 中国国际人才交流基金会 |
| 24 | 国家外国专家局培训中心 |
| 25 | 国家外国专家局国外人才信息研究中心 |
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