我国水生生物多样性极为丰富，具有特有程度高、孑遗物种多等特点，在世界生物多样性中占据重要地位。我国江河湖泊众多，生境类型复杂多样，为水生生物提供了良好的生存条件和繁衍空间，尤其是长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河和辽河等重点流域，是我国重要的水源地和水生生物宝库，维系着我国众多珍稀濒危物种和重要水生经济物种的生存与繁衍。
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一、长江流域
据不完全统计，长江流域有淡水鲸类2种，鱼类424种，浮游植物1200余种（属），浮游动物753种（属），底栖动物1008种（属），水生高等植物1000余种。流域内分布有白鱀豚、中华鲟、达氏鲟、白鲟、长江江豚等国家重点保护野生动物，圆口铜鱼、岩原鲤、长薄鳅等特有物种，以及“四大家鱼”等重要经济鱼类。目前，长江流域已建立水生生物、内陆湿地自然保护区119处，其中国家级自然保护区19处，国家级水产种质资源保护区217处。
二、黄河流域
据不完全统计，黄河流域有鱼类130种，底栖动物38种（属），水生植物40余种，浮游生物333种（属）。流域内分布有秦岭细鳞鲑、水獭、大鲵等国家重点保护野生动物。目前，黄河流域已建立水生生物、内陆湿地自然保护区58处，其中国家级自然保护区18处，国家级水产种质资源保护区48处。
三、珠江流域
据不完全统计，珠江流域有鱼类425种，浮游藻类210种（属），浮游动物410种（属），底栖动物268种（属），水生维管束植物129种。流域内分布有中华鲟、中华白海豚、鼋、花鳗鲡、金钱鲃、大鲵等国家重点保护动物，南方波鱼、海南异鱲等约200种特有鱼类。目前，珠江流域已建立水生生物、内陆湿地自然保护区44处，国家级水产种质资源保护区27处。
四、松花江流域
松花江流域已知有鱼类81种，底栖动物118种（属），水生维管束植物80种，两栖爬行动物23种。流域内分布有濒危物种施氏鲟、达氏鳇，以及大麻哈鱼、乌苏里白鲑、日本七鳃鳗、细鳞鲑、哲罗鲑、黑龙江茴鱼、花羔红点鲑等珍稀冷水性鱼类。目前，松花江流域建有水生生物和内陆湿地自然保护区44处，其中国家级自然保护区19处，国家级水产种质资源保护区24处。
五、淮河流域
淮河水系已知鱼类115种，水生植物60余种，两栖爬行动物40余种，浮游动物200余种（属），浮游植物250余种（属），底栖动物70余种（属）。流域内分布有中华水韭、莼菜、野菱和水蕨等国家重点保护植物，大鲵、虎纹蛙和胭脂鱼等国家重点保护动物。目前淮河流域已建立水生生物和内陆湿地自然保护区24处，其中国家级自然保护区1处，国家级水产种质资源保护区39处。
六、海河流域
据不完全统计，海河流域有鱼类100余种，底栖动物72种（属）。目前，海河流域已建立内陆湿地自然保护区19处，其中国家级自然保护区3处，国家级水产种质资源保护区15处。
七、辽河流域
辽河流域已知鱼类53种，常见大型水生植物16种，流域内分布有斑海豹、江豚等国家重点保护动物；鲂、鲤、鲫、乌鳢、辽河刀鲚、乔氏新银鱼、东北雅罗鱼、凤鲚、海龙、海马等重要经济鱼类，以及中国毛虾、中华绒螯蟹、文蛤等水产资源。辽河流域已建立水生生物、内陆湿地自然保护区25处，其中国家级自然保护区2处，国家级种质资源保护区8处，另有“辽河保护区”1处。
